شعبہ تنظیم، جماعت اسلامی کا اہم ترین شعبہ ہے۔ اس کے ذمے جماعت کے ریکارڈ، ارکان اور کارکنان کے امور ہیں۔ یہ شعبہ مرکزی نظم اور تمام ذیلی نظم کے باہمی رابطہ کار کے طور پر کام کرتا ہے۔ مرکزی ذمہ داران کی مراسلت کی بروقت ترسیل اور ان کے دورہ جات کا اہتمام کرنا بھی اس کے ذمے ہے۔ مرکز منصورہ میں منعقد ہونے والے تمام تنظیمی، تربیتی اور دعوتی پروگرامات کے انتظامات کرنا بھی اس کی ذمہ داری ہوتی ہے۔ نیز یہ تمام مرکزی شعبہ جات کے درمیان رابطہ بھی قائم رکھتا ہے۔